A Custódia Franciscana do Sagrado Coração de Jesus teve sua origem fundada no carisma missionário franciscano.
Em 1946, Frei Tarcísio Santoro, um frade da antiga Província de São Pedro Apóstolo de Nápoles, participava de uma reunião episcopal ocorrida na Argentina, e lá sugeriu ao Bispo D. Antônio Augusto de Assis, que escrevesse ao Ministro Provincial de Nápoles, Frei Jácomo Iovine, pedindo frades para a missão na Diocese de Jaboticabal.
No dia 02 de abril de 1947, partiam do Porto de Nápoles, dez frades missionários: Frei Ângelo Ruggero, Frei Benedetto Faticano, Frei Berardo Paolino, Frei Eugênio de Rosa, Frei Federico Curatolo, Frei Gennaro Pinto, Frei Justino di Giorgio, Frei Leonardo Ferrara, Frei Marcelo Manilia e Frei Roque Biscioni. Eram 5 sacerdotes e 5 não ordenados. Frei Roque Biscioni era o "superior" da fundação.
Os dez chegaram em Guaraci, SP, nos primeiros dias de maio de 1947. A primeira paróquia a receber os missionários foi a do Bom Jesus de Guaraci. A segunda foi a de São João Bastista de Olímpia e, sem esguida, a de Nossa Senhora da Abadia de Cajobi.
Nos anos seguintes, até 1968, vieram outros missionário que foram assumindo trabalhos de evangelização no norte, noroeste e centro-oeste do Estado de São Paulo.
Os frades missionários quiseram logo acolher os meninos vocacionados e abriram um seminário em Bastos no início dos anos 50. Em seguida, iniciaram a construção do Seminário Nossa Senhora de Fátima em Mirassol.
O primeiro religioso brasileiro da Custódia foi Frei Francisco de Medeiros. Olimpiense, Frei Francisco entrou em contato com os frades e foi logo para a Itália fazer a sua formação.
Em 2004, a Custódia é compostoa por frades brasileiros e apenas 1 dos primeiros missionários napolitanos. E está presente no norte e centro-oeste do Estado de São Paulo: Bebedouro, Franca, Garça, Marília, Olímpia e Ribeirão Preto.